En prohibir-se els tractaments aeris contra els mosquits, han augmentat molt totes les poblacions d'invertebrats, sobretot dípters, papallones, libèl·lules i crustacis.

Cal destacar la presència de sangoneres (Hirudo medicinalis), espècie en forta regressió a causa de les antigues captures i la pèrdua d'hàbitat.

Els peixos tenen aquí bones poblacions, essent els més abundants: la carpa (Cyprinus carpio), el joell (Atherina boyeri), les llisses (Mugil cephalus, Liza ramada) i les anguiles (Anguilla anguilla).

Els més destacables per la seva raresa són:

l'Espinós (Gasterosteus aculeatus) i el fartet (Aphanius iberus)

Les poblacions de rèptils i amfibis estan ben representades, i en destaquen el tòtil granoter (Dyscoglossus pictus), els tritons (Triturus marmoratus i T. helveticus), la tortuga de rierol (Mauremys caspica), els sargantaners (Psammodromus algirus i P.hispanicus) i el lluert (Lacerta viridis).

Quant als mamífers, cal destacar la llúdriga (Lutra lutra) amb la qual s'està tirant endavant un projecte de reintroducció, el turó (Putorius putorius), força estès, i la daina (Dama dama), reintroduïda l'any 1987.

Els ocells, dels quals s'han observat 328 espècies diferents, han experimentat un augment realment impressionant gràcies a la constitució de les reserves l'any 1983. Així, per exemple, el bitó (Botaurus stellaris) passa de no nidificant a tenir 6 parelles l'any 1997, la cigonya (Ciconia ciconia) de cap parella a 16 el 1997, l'arpella (Circus aeruginosus) d'una parella a 15, l'ànec collverd (Anas platyrhynchos) de 200-250 parelles a unes 2.500.

Altres espècies nidificants destacables són el martinet menut (Ixobrychus minutus), amb 35 parelles, l'ànec xarrasclet (o roncaire, a l'Empordà) (Anas querquedula), 4 parelles, la polla blava (Porphyrio porphyrio), reintroduïda l'any 1989 a base d'exemplars procedents de Doñana i que ja se'n va comprovar la cria l'any següent (la població actual es calcula en uns 150 exemplars), el rasclet (Porzana pusilla), amb unes quantes parelles, i la trenca (Lanius minor), amb 10 parelles, que constitueixen una de les dues úniques poblacions ibèriques (l'altra es troba a les planes de Lleida-Osca).

Durant l'època de migració primaveral, els aiguamolls són un refugi insubstituïble quan bufa la forta tramuntana.

En aquestes circumstàncies, que a vegades poden allargar-se durant uns quants dies, es sedimenten al parc centenars d'anàtids, limícoles, ardèids, passeriformes, volades de flamencs, de cigonyes, etc., tot cercant descans i alimentació per travessar els Pirineus quan pari el vent i poder així continuar el seu viatge.

També a l'hivern el Parc ha passat a ser un lloc important per a l'estada d'ocells aquàtics, superant els 2.000 exemplars, els anàtids i fotges que arriben cada hivern -la mitjana d'hivernada abans de la creació del Parc era de 400 ànecs i fotges, i hi destacaven el nombre d'ànecs collverds (Anas platyrhynchos) i xarxets (Anas crecca).

El lloc és també important per a la hivernada d'esplugabous (Bubulcus ibis) amb uns 5.000 exemplars, així com per al capó reial (Plegadis falcinellus) que porta uns quants anys passant l'hivern aquí. Es veuen grans volades de fredelugues (Vanellus vanellus) i al mar es poden observar cada any les calàbries agulles (Gavia arctica).

En el Parc també s'estan portant a terme projectes de recuperació de races domèstiques autòctones, en concret de la vaca marinera, a partir de la vaca menorquina, de l'ase català i de l'oca i la gallina empordaneses.

Malgrat que les mesures de protecció han donat resultats, urgeix adquirir la reserva dels Estanys per poder gestionar-la adequadament, com s'està fent a les llacunes litorals de propietat pública.

També calen plans de conservació dels prats inundables i de les dunes.

Porphyrio porphyrio

Lacerta viridis

Egretta garzetta

Aux " Aiguamolls ", les espèces animales les plus visibles et les plus présentes sont les oiseaux, mais cela ne veut pas dire qu'il n'y a pas d'autres espèces intéressantes et variées de vertébrés et d'invertébrés.

Parmi les invertébrés, un grand nombre de crustacés, de mollusques et d'insectes pullulent parmi toutes les étendues d'eau. Parmi ces insectes, dans ces zones marécageuses, la présence gênante des moustiques a amené les populations de la baie de Rosas à créer un Service de Contrôle des Moustiques pour équilibrer leur présence par une méthode anti-larvaire qui perturbe au minimum le milieu ambiant. 

Les poissons les plus abondants dans ces zones sont les carpes ( Cyprinus carpio), les muges, les soles, les anguilles(Anguilla anguilla) , etc. A noter également dans sa zone la plus septentrionale, celle des eaux marécageuses empordanaises, la présence du " fartet" (Aphanius iberus ) petit poisson endémique de la péninsule ibérique .Les amphibiens comme les grenouilles et les crapauds se trouvent partout, surtout dans les eaux plus douces. On remarque la présence du discoglosse peint ( Discoglosus pictus) et en quelques endroits celle du triton (Triturus marmoratus et T. helveticus) plus sensible à la salinité. Parmi les reptiles intéressants présents dans la zone on peut rencontrer la clemmmyde ( Mauremys caspica ) et dans certaines lagunes d'eau douce les lézards des sables ( Psammodromus sp.) et le seps tridactyle ( Chalcides chalcides) des dunes du littoral. Quatre espèces différentes de couleuvres et l' orvet (Anguis fragilis ) s'abritent dans les talus et les bosquets des rivages.

Le mammifère le plus typique des " Aiguamolls" mis à part le campagnol amphibie (Arvicola sapidus ), est la loutre (Lutra lutra ) très présente jusqu'autour de 1950, sa présence s'est faite plus rare mais sa réintroduction est actuellement en cours d'opération.
Les petits mammifères comme les taupes, les musaraignes, les souris et les rats sont répartis partout. Le lapin (Oryctolagus cuniculus) est très abondant en certains endroits, par contre le lièvre (Lepus capensis) a été pratiquement relégué dans les salicornes du bord de mer et dans les plantations d'arbres fruitiers. En hiver, dans les pâturages, on trouve parfois de petits groupes de sangliers (Sus scropha) qui descendent de la Serra de Verdera.
Les chauves-souris sont nombreuses aux "Aiguamolls", elles contribuent au contrôle des diptères comme les moustiques par exemple.

La belette ( Mustela nivalis ) le putois (Putorius putorius ) le blaireau (Meles meles ) et le renard ( Vulpes vulpes )          terminent la liste des mammifères présents dans le Parc Naturel. Les prédateurs sont très utiles pour contrôler les espèces qui en surnombre seraient préjudiciables à l'agriculture comme les rats et les lapins. En 1987 le daim (Dama dama ) a été réintroduit.
 Les oiseaux.

Les oiseaux peuvent se voir à travers tout le parc. Jusqu'à ce jour on a pu observer 329 espèces différentes, parmi lesquelles 93 nidifient dans la zone.

Parmi les oiseaux d'eau qui y font leur nid, les espèces les plus courantes sont la poule d'eau (Gallinulam chloropus), la foulque (Fulica atra) et le canard colvert (Anas platyrhynchos). 

D'autres espèces, quoi qu'en moins grand nombre, y nichent également :  le gravelot à collier interrompu (Charadrius alexandrinus), L'oedicnème criard (Burhinus oedicnemus), le grèbe castagneux (Tachybaptus ruficollis), l'échasse blanche (Himantopus himantopus), le blongios nain (Ixobrychus minutus), la sarcelle d'été (Anas querquedula)... Certaines espèces y sont aujourd'hui moins fréquentes qu'autrefois. C'est le cas du busard des roseaux (Circus aeruginosus), du busard cendré (Circus pygargus), du héron pourpré (Ardea purpurea) et du butor étoilé (Botaurus stellaris). 

Par contre, la cigogne blanche (Ciconia ciconia) est venue à l'occasion nidifier spontanément dans le secteur : un plan de réintroduction, motivé tant par la protection actuelle de la zone que par la régression croissante de cette espèce dans 1es alentours, a été lancé en sa  faveur. On compte actuellement une trentaine de couples nichant dans le parc

. En outre, 38 exemplaires de talèves sultanes, ou porphyrions bleus,( Porphyrio porphyrio) ont aussi été réintroduits : cela faisait cinquante ans qu'ils ne nidifiaient pas en Catalogne.

D'autres espèces intéressantes qui viennent faire leur nid dans le parc sont le rollier d'Europe (Coracias garrulus), le martin-pêcheur (Alcedo atthis), le guêpier d'Europe (Merops apiaster), le coucou geai (Clamator glandarius), la pie-grièche à poitrine rose (Lanius minor) et le lusciniole à moustaches (Acrocephalus melanopognn).
En hiver, les eaux de la baie sont peuplées d'oiseaux marins tels que les plongeons, et notamment le plongeon à gorge noire (Gavia arctica), le grèbe huppé (Podice ps cristatus), le cormoran (Phalacrocorax carbo) et le petit pingouin (Alca torda).

Les étangs et les lagunes abritent de nombreuses foulques, des canards et quelques oies. Sur les rives, on peut guetter quelques groupes de hérons cendrés (Ardea cinerea). Des centaines de pluviers dorés (Pluvialis apricaria), de vanneaux  huppés (Vanellus vanellus) et de bécassines (Gallinago gallinago) volent sur les roseaux et les prés inondés.

Le busard Saint-Martin (Circus cyaneus) et le hibou des marais (Asio flammeus) ainsi que le busard des roseaux, toujours présent, (Circus aeruginosus) sont les oiseaux de proie d'hiver, avec la buse variable (Buteo buteo) et le faucon crécerelle (Falco tinnunculus) qui, eux, préfèrent les arbres.

En époque de migration, on voit partout des ardéiformes, des limicoles, des guifettes, des sternes. Et même parfois des flamants (Phoenicopterus ruber) et, plus rarement, des grues (Grus grus), des cigognes noires (Ciconia nigra), des ibis falcinelles (Plegadis falcinellus) ou des spatules blanches (Platalea leucorodia).
C'est lors de ces époques de passage que les marais jouent un rôle primordial en tant que lieu de refuge, d'alimentation et de repos pour des milliers d'oiseaux aquatiques migrateurs.

Lorsque, au printemps, la tramontane (fort vent du Nord) ferme les Pyrénées, des oiseaux de diverses espèces volent sur les étangs et les marais, sur les rivières et les bois du parc national. Aux époques de migrations, on a repéré dans la région comme dans les marais 132 espèces différentes d'oiseaux en une seule journée.