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La vegetació dels Aiguamolls té unes característiques especials que la distingeixen força de les zones properes, assemblant-se més a la vegetació de les planes litorals que es troben al nord del Pirineu (Rosselló, Camarga). Al perímetre del Parc conviuen els conreus, alguns d'arròs, amb zones de pastures (les closes) molt interessants tant des del punt de vista biològic com paisatgístic. Les tres reserves naturals integrals són les àrees que donen més caràcter i rellevància al Parc. Al nord hi ha la Reserva dels Estanys, amb els estanys de Castelló, Palau, Vilaüt i Mornau, amb grans canyissars, balques i prats inundables amb lliri groc (Iris pseudacorus) i jonques (Scirpus sp.) A la part central, es troba la Reserva de les Llaunes, el sistema llacunar d'entre les desembocadures dels rius Muga i Fluvià, amb llacunes litorals, prats salobres i dunes. Finalment, al riu Fluvià, s'hi troba l'illa de Caramany, un bosc de ribera ben constituït. Vegetació de sòls salins S'hi fan una sèrie de vegetals molt especialitzats,generalment de fulles carnoses, com les salicòrnies (Arthrocnemum), el salat blanc (Halimione portulacoides), el jonc marí (Juncus maritimus) o l'espartina (Spartina patens). Altres figures de protecció A primera línia, enfront del mar trobem, entre d'altres, el jull de mar (Elymus farctus), i damunt les dunes destaca el borró (Ammophila arenaria),robusta gramínia fixadora de les dunes. Vegetació marjalenca dels marges dels rius, recs i dels prats inundats La plana al·luvial del Fluvià i de la Muga és creuada per un gran nombre de canals de drenatge que tenen vegetació particular, dominada sobretot pels canyissars i comunitats afins. Les plantes més típiques d'aquests hàbitats són: el canyís (Phragmites australis), les balques (Typha angustifolia i T. latifolia), la jonca d'estany (Scirpus lacustris), el lliri groc (Iris pseudacorus), el plantatge d'aigua (Alisma plantago-aquatica) el malví (Althaea officinalis), la salicària (Lythrum salicaria) i un llarg etcètera. En aquest conjunt cal situar també la vegetació dels prats inundables amb aigua dolça durant un cert període de l'any. És un món particular sotmès a una pastura de bovins i èquids, i on junt a herbassars molt inundats, formats per grans càrex (Carex riparia i C. otrubae) i jonques d'aigua (Eleocharis palustris), hom pot trobar bones pastures. A les vores dels rius o dels recs hi ha els boscos de ribera, formats per salzes (Salix alba), àlbers (Populus alba), pollancres (Populus nigra), verns (Alnus glutinosa), oms (Ulmus minor), freixes (Fraxinus angustifolia) i tamarius (Tamarix anglica). Vegetació aigualosa i lacustre de les llacunes i cursos d'aigua Destaquen els ranuncles aquàtics (Ranunculus baudotii) i altres plantes submergides (Zannichellia, Potamogeton, Najas, Chara, etc.). També les minúscules llenties d'aigua (Lemna) o les cal·lítriques (Callitriche)

La végétation de cette zone humide représente des caractéristiques spéciales qui la rendent assez différente de celle des zones avoisinantes. Ce qui est particulièrement vrai dans les communautés de la frange littorale où la combinaison de l'eau et du goût saumâtre jouent un rôle décisif. Les principaux types de végétation des marécages de l'Empordà sont :           a) Végétation de sols salins. Dans ces contrées ne pousse qu'une série de végétaux très spécialisés à feuilles normalement très succulentes ou charnues telles que la salicorne (Arthrocnemum) ou l'arroche pourpier (Halimione portulacoides), ou en formes de jonc telles que le jonc maritime (Juncus maritimus) ou l'espartine (Spartine patens). Quelques endroits présentent un aspect extrêmement élégant lorsque fleurit spectaculairement un Curieux iris bleu (Iris spuria) durant les mois de mai et juin .             b) Végétation des étendues de sable. Dans ce milieu inhospitalier, se trouvent une série de végétaux très bien adaptés qui se répartissent l'espace en formant des communautés spéciales. En première ligne, près de la mer se trouve, entre autres, le chiendent (Agropyron junceum) et, sur les dunes naissantes il faut distinguer le roseau des sables (Ammophila arenaria), graminée robuste qui fixe les dunes.           c) Végétation des marais en bordure de rivière, de canal et dans les prés                inondés. Toute le plaine alluviale du Fluvià et de la Muga est traversée par un grand nombre de canaux de drainage qui possèdent une végétation particulière où dominent les roselières et les communautés en affinité. Les plantes les plus typiques de ces habitats sont : le roseau (Phragmites australis), les massettes (Typha angustifolia et T. latifolia), les souchets (Scirpus lacustris), le iris jaune (Iris pseudacorus), le plantain d'eau (Alisma plantago aquatica), le guimauve (Althaea officinalis), salicaire (Lythrum salicaria) et un long « et extera » caractérisant ce monde si particulier. Dans ce groupe, il faut également situer la végétation qui peuple les prés inondés d'eau douce durant une certaine période de l'année. I1 s'agit d'un monde particulier réservé à la nourriture des bovins et des équidés, où au bord de prés très inondés formés de grand laîche (Carex riparia et C. otrubae) et héléocharis (Eleocharis palustris) on peut trouver de bons pâturages fauchés d'ordinaire en début de l'été. La berge des rivières ou des canaux abrite un type de végétation arborescente très particulière, le bois de rivage, constitué par : des saules (Salix allia), des peupliers blancs (Populus allia), des peupliers noirs (Populus nigra), des aulnes (Alnus glutinosa), des ormes (Ulmus minor), des frênes (Fraxinus angustifolia) et des tamaris (Tamarix gallica).              d) Végétation aquatique et lacustre des lagunes et des cours d'eau. Le monde des plantes aquatiques, submergées ou flottantes, est également très spécial. II n'est guère de spectacle aussi étrange et aussi beau que celui de l'eau fleurie de renoncules aquatiques (Ranunculus baudotii) sur la lagune de Vilaüt, par exemple. II n'est guère de curiosité florale telle que les plantes submergées si fréquentes dans ces eaux (Zanichellia, Potamogeton, Najas, Chara) Ainsi que les minuscules lenticules d'eau (Lemma) ou les délicates « callitriche » qui couvrent les surfaces des eaux tranquilles et qui abritent une faune très riche et très bizarre de petits invertébrés. Une fois encore, le botaniste trouve des habitats très spéciaux, normaux en Europe Centrale mais qui, dans un pays méditerranéen comme le nôtre, attirent fortement l'attention et font l'objet de surprises intéressantes.

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